An der Stelle des heutigen Fréjus lag in der Antike der Hauptort der Oxibier, an dem später von den marseillischen Phokäern eine Stadt gegründet wurde. Zur Zeit des Gallischen Kriegs ließ Julius Cäsar den Hafen des Ortes vergrößern und einen mit dem Forum Julii einen Markt einrichten, der in abgewandelter Form zum Namensgeber der heutigen Stadt werden sollte. Kaiser Augustus verleih dem Ort weitere Bedeutung, indem er für die Vetranen der Legio VIII Augusta die Colonia Octaviorum errichten, und den Hafen als navale Caeesaris Augusti erneut vergrößern ließ.

Der Niedergang der Stadt, deren römische Altstadt bei einer Razzia der Sarazenen im Jahre 940 weitgehend zerstört worden war, ging mit deiner Versandung des Hafens einher. Unter den Bischöfen von Fréjus , deren Diözese bereits seit dem 4. Jahrhundert bestand begann ein erneuter Aufstieg der Stadt. 1475 gabe es erneut einen Piratenüberfall, vom den sich die Stadt jedoch wieder erholt hatte, als Kaiser Karl V. in die Stadt einzog, die nach ihm bis zur Rückkgabe an Frankreich Charlesville genannt wurde.

Am 15. August 1944 landeten die 36. US Division als Teil der Operation Dragoon in der Nähe von Fréjus (St. Raphael).